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zoom RSS Rで主成分分析

<<   作成日時 : 2018/04/15 00:01   >>

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ビッグデータ分析というと有意差検定などではなく、多変量解析をしないと面白くないんじゃないか?と思います。そういう意味でRでどんなことをできるか?を探りながら動かしてみましょう。まずは「主成分分析」から始めてみます。

データとして、「フィッシャーのアヤメのデータから散布図行列を描く」で使った「フィッシャーのアヤメのデータ」を使いました。

「統計量」→「次元解析」→「主成分分析」を選択し、変数として「がく片」「がく片幅」「花びら」「花びら幅」のすべてを選択します。オプションはすべてにチェックを入れて「OK」とすると、主成分の数を聞いてくるボックスが出てきますので、「2」にして「OK」した結果、次の出力がありました。

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主成分分析の詳細はこのpdfを見ていただくとして、グラフの出力結果から第1主成分と第2主成分でほぼ説明できるので、散布図を描いてみました。
なお、第1主成分と第2主成分の計算結果はデータファイルにPC1、PC2として追加されています。

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これを見ると、第1主成分がアヤメの種類を大きく分ける軸になっているのが分かります。まあバーシクルとバーシニカとは一部重なってしまっているところはありますが、セトナとの区別は明瞭ですね。

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